oa Development of a Novel Lysosomal Gene-based Prognostic Panel and Uncovering EIF4EBP1 as a Biomarker for Breast Cancer

References

1. Sung H. Ferlay J. Siegel R.L. Laversanne M. Soerjomataram I. Jemal A. Bray F. Global cancer statistics 2020: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J. Clin. 2021 71 3 209 249 10.3322/caac.21660 33538338
   [Google Scholar]
2. Prat A. Pineda E. Adamo B. Galván P. Fernández A. Gaba L. Díez M. Viladot M. Arance A. Muñoz M. Clinical implications of the intrinsic molecular subtypes of breast cancer. Breast 2015 24 S26 S35 (Suppl. 2)
   [Google Scholar]
3. Bray F. Laversanne M. Sung H. Ferlay J. Siegel R.L. Soerjomataram I. Jemal A. Global cancer statistics 2022: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J. Clin. 2024 74 3 229 263 10.3322/caac.21834 38572751
   [Google Scholar]
4. Harbeck N. Gnant M. Breast cancer. Lancet 2017 389 10074 1134 1150 10.1016/S0140‑6736(16)31891‑8 27865536
   [Google Scholar]
5. Britt K.L. Cuzick J. Phillips K.A. Key steps for effective breast cancer prevention. Nat. Rev. Cancer 2020 20 8 417 436 10.1038/s41568‑020‑0266‑x 32528185
   [Google Scholar]
6. Waks A.G. Winer E.P. Breast cancer treatment. JAMA 2019 321 3 288 300 10.1001/jama.2018.19323 30667505
   [Google Scholar]
7. Wang T. McCullough L.E. White A.J. Bradshaw P.T. Xu X. Cho Y.H. Terry M.B. Teitelbaum S.L. Neugut A.I. Santella R.M. Chen J. Gammon M.D. Prediagnosis aspirin use, DNA methylation, and mortality after breast cancer: A population‐based study. Cancer 2019 125 21 3836 3844 10.1002/cncr.32364 31402456
   [Google Scholar]
8. Giaquinto A.N. Sung H. Miller K.D. Kramer J.L. Newman L.A. Minihan A. Jemal A. Siegel R.L. Breast Cancer Statistics, 2022. CA Cancer J. Clin. 2022 72 6 524 541 10.3322/caac.21754 36190501
   [Google Scholar]
9. Ballabio A. Bonifacino J.S. Lysosomes as dynamic regulators of cell and organismal homeostasis. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2020 21 2 101 118 10.1038/s41580‑019‑0185‑4 31768005
   [Google Scholar]
10. Nanayakkara R. Gurung R. Rodgers S.J. Eramo M.J. Ramm G. Mitchell C.A. McGrath M.J. Autophagic lysosome reformation in health and disease. Autophagy 2023 19 5 1378 1395 36409033
    [Google Scholar]
11. Yang C. Wang X. Lysosome biogenesis: Regulation and functions. J. Cell Biol. 2021 220 6 e202102001 10.1083/jcb.202102001 33950241
    [Google Scholar]
12. Mahapatra K.K. Mishra S.R. Behera B.P. Patil S. Gewirtz D.A. Bhutia S.K. The lysosome as an imperative regulator of autophagy and cell death. Cell. Mol. Life Sci. 2021 78 23 7435 7449 10.1007/s00018‑021‑03988‑3 34716768
    [Google Scholar]
13. Trivedi P.C. Bartlett J.J. Pulinilkunnil T. Lysosomal biology and function: Modern view of cellular debris bin. Cells 2020 9 5 1131 10.3390/cells9051131 32375321
    [Google Scholar]
14. Lawrence R.E. Zoncu R. The lysosome as a cellular centre for signalling, metabolism and quality control. Nat. Cell Biol. 2019 21 2 133 142 10.1038/s41556‑018‑0244‑7 30602725
    [Google Scholar]
15. Cao M. Luo X. Wu K. He X. Targeting lysosomes in human disease: From basic research to clinical applications. Signal Transduct. Target. Ther. 2021 6 1 379 10.1038/s41392‑021‑00778‑y 34744168
    [Google Scholar]
16. Latifkar A. Ling L. Hingorani A. Johansen E. Clement A. Zhang X. Hartman J. Fischbach C. Lin H. Cerione R.A. Antonyak M.A. Loss of Sirtuin 1 alters the secretome of breast cancer cells by impairing lysosomal integrity. Dev. Cell 2019 49 3 393 408.e7 10.1016/j.devcel.2019.03.011 30982660
    [Google Scholar]
17. Nagelkerke A. Sieuwerts A.M. Bussink J. Sweep F.C.G.J. Look M.P. Foekens J.A. Martens J.W.M. Span P.N. LAMP3 is involved in tamoxifen resistance in breast cancer cells through the modulation of autophagy. Endocr. Relat. Cancer 2014 21 1 101 112 10.1530/ERC‑13‑0183 24434718
    [Google Scholar]
18. Rowson-Hodel A.R. Berg A.L. Wald J.H. Hatakeyama J. VanderVorst K. Curiel D.A. Leon L.J. Sweeney C. Carraway K.L. Hexamethylene amiloride engages a novel reactive oxygen species- and lysosome-dependent programmed necrotic mechanism to selectively target breast cancer cells. Cancer Lett. 2016 375 1 62 72 10.1016/j.canlet.2016.02.042 26944316
    [Google Scholar]
19. Gou W. Luo N. Yu B. Wu H. Wu S. Tian C. Guo J. Ning H. Bi C. Wei H. Hou W. Li Y. Ursolic acid derivative UA232 promotes tumor cell apoptosis by inducing endoplasmic reticulum stress and lysosomal dysfunction. Int. J. Biol. Sci. 2022 18 6 2639 2651 10.7150/ijbs.67166 35414766
    [Google Scholar]
20. Li J. Wu F. Li C. Sun S. Feng C. Wu H. Chen X. Wang W. Zhang Y. Liu M. Liu X. Cai Y. Jia Y. Qiao H. Zhang Y. Zhang S. The cuproptosis-related signature predicts prognosis and indicates immune microenvironment in breast cancer. Front. Genet. 2022 13 977322 10.3389/fgene.2022.977322 36226193
    [Google Scholar]
21. Zhang K. Ping L. Du T. Liang G. Huang Y. Li Z. Deng R. Tang J. A ferroptosis-related lncRNAs signature predicts prognosis and immune microenvironment for breast cancer. Front. Mol. Biosci. 2021 8 678877 10.3389/fmolb.2021.678877 34164433
    [Google Scholar]
22. Xu Y. Zheng Q. Zhou T. Ye B. Xu Q. Meng X. Necroptosis-related LncRNAs signature and subtypes for predicting prognosis and revealing the immune microenvironment in breast cancer. Front. Oncol. 2022 12 887318 10.3389/fonc.2022.887318 35686108
    [Google Scholar]
23. Winkler J. Tan W. Diadhiou C.M.M. McGinnis C.S. Abbasi A. Hasnain S. Durney S. Atamaniuc E. Superville D. Awni L. Lee J.V. Hinrichs J.H. Wagner P.S. Singh N. Hein M.Y. Borja M. Detweiler A.M. Liu S.Y. Nanjaraj A. Sitarama V. Rugo H.S. Neff N. Gartner Z.J. Oliveira Pisco A. Goga A. Darmanis S. Werb Z. Single-cell analysis of breast cancer metastasis reveals epithelial-mesenchymal plasticity signatures associated with poor outcomes. J. Clin. Invest. 2024 134 17 e164227 10.1172/JCI164227 39225101
    [Google Scholar]
24. Yoshitake R. Mori H. Ha D. Wu X. Wang J. Wang X. Saeki K. Chang G. Shim H.J. Chan Y. Chen S. Molecular features of luminal breast cancer defined through spatial and single‐cell transcriptomics. Clin. Transl. Med. 2024 14 1 e1548 10.1002/ctm2.1548 38282415
    [Google Scholar]
25. Chen H. Wang Z. Shi J. Peng J. Integrating mitochondrial and lysosomal gene analysis for breast cancer prognosis using machine learning. Sci. Rep. 2025 15 1 3320 10.1038/s41598‑025‑86970‑4 39865118
    [Google Scholar]
26. Thorsson V. Gibbs D.L. Brown S.D. Wolf D. Bortone D.S. Yang O. T.H.; Porta-Pardo, E.; Gao, G.F.; Plaisier, C.L.; Eddy, J.A.; Ziv, E.; Culhane, A.C.; Paull, E.O.; Sivakumar, I.K.A.; Gentles, A.J.; Malhotra, R.; Farshidfar, F.; Colaprico, A.; Parker, J.S.; Mose, L.E.; Vo, N.S.; Liu, J.; Liu, Y.; Rader, J.; Dhankani, V.; Reynolds, S.M.; Bowlby, R.; Califano, A.; Cherniack, A.D.; Anastassiou, D.; Bedognetti, D.; Mokrab, Y.; Newman, A.M.; Rao, A.; Chen, K.; Krasnitz, A.; Hu, H.; Malta, T.M.; Noushmehr, H.; Pedamallu, C.S.; Bullman, S.; Ojesina, A.I.; Lamb, A.; Zhou, W.; Shen, H.; Choueiri, T.K.; Weinstein, J.N.; Guinney, J.; Saltz, J.; Holt, R.A.; Rabkin, C.S.; Lazar, A.J.; Serody, J.S.; Demicco, E.G.; Disis, M.L.; Vincent, B.G.; Shmulevich, I.; Caesar-Johnson, S.J.; Demchok, J.A.; Felau, I.; Kasapi, M.; Ferguson, M.L.; Hutter, C.M.; Sofia, H.J.; Tarnuzzer, R.; Wang, Z.; Yang, L.; Zenklusen, J.C.; Zhang, J.J.; Chudamani, S.; Liu, J.; Lolla, L.; Naresh, R.; Pihl, T.; Sun, Q.; Wan, Y.; Wu, Y.; Cho, J.; DeFreitas, T.; Frazer, S.; Gehlenborg, N.; Getz, G.; Heiman, D.I.; Kim, J.; Lawrence, M.S.; Lin, P.; Meier, S.; Noble, M.S.; Saksena, G.; Voet, D.; Zhang, H.; Bernard, B.; Chambwe, N.; Dhankani, V.; Knijnenburg, T.; Kramer, R.; Leinonen, K.; Liu, Y.; Miller, M.; Reynolds, S.; Shmulevich, I.; Thorsson, V.; Zhang, W.; Akbani, R.; Broom, B.M.; Hegde, A.M.; Ju, Z.; Kanchi, R.S.; Korkut, A.; Li, J.; Liang, H.; Ling, S.; Liu, W.; Lu, Y.; Mills, G.B.; Ng, K-S.; Rao, A.; Ryan, M.; Wang, J.; Weinstein, J.N.; Zhang, J.; Abeshouse, A.; Armenia, J.; Chakravarty, D.; Chatila, W.K.; de Bruijn, I.; Gao, J.; Gross, B.E.; Heins, Z.J.; Kundra, R.; La, K.; Ladanyi, M.; Luna, A.; Nissan, M.G.; Ochoa, A.; Phillips, S.M.; Reznik, E.; Sanchez-Vega, F.; Sander, C.; Schultz, N.; Sheridan, R.; Sumer, S.O.; Sun, Y.; Taylor, B.S.; Wang, J.; Zhang, H.; Anur, P.; Peto, M.; Spellman, P.; Benz, C.; Stuart, J.M.; Wong, C.K.; Yau, C.; Hayes, D.N.; Parker, J.S.; Wilkerson, M.D.; Ally, A.; Balasundaram, M.; Bowlby, R.; Brooks, D.; Carlsen, R.; Chuah, E.; Dhalla, N.; Holt, R.; Jones, S.J.M.; Kasaian, K.; Lee, D.; Ma, Y.; Marra, M.A.; Mayo, M.; Moore, R.A.; Mungall, A.J.; Mungall, K.; Robertson, A.G.; Sadeghi, S.; Schein, J.E.; Sipahimalani, P.; Tam, A.; Thiessen, N.; Tse, K.; Wong, T.; Berger, A.C.; Beroukhim, R.; Cherniack, A.D.; Cibulskis, C.; Gabriel, S.B.; Gao, G.F.; Ha, G.; Meyerson, M.; Schumacher, S.E.; Shih, J.; Kucherlapati, M.H.; Kucherlapati, R.S.; Baylin, S.; Cope, L.; Danilova, L.; Bootwalla, M.S.; Lai, P.H.; Maglinte, D.T.; Van Den Berg, D.J.; Weisenberger, D.J.; Auman, J.T.; Balu, S.; Bodenheimer, T.; Fan, C.; Hoadley, K.A.; Hoyle, A.P.; Jefferys, S.R.; Jones, C.D.; Meng, S.; Mieczkowski, P.A.; Mose, L.E.; Perou, A.H.; Perou, C.M.; Roach, J.; Shi, Y.; Simons, J.V.; Skelly, T.; Soloway, M.G.; Tan, D.; Veluvolu, U.; Fan, H.; Hinoue, T.; Laird, P.W.; Shen, H.; Zhou, W.; Bellair, M.; Chang, K.; Covington, K.; Creighton, C.J.; Dinh, H.; Doddapaneni, H.V.; Donehower, L.A.; Drummond, J.; Gibbs, R.A.; Glenn, R.; Hale, W.; Han, Y.; Hu, J.; Korchina, V.; Lee, S.; Lewis, L.; Li, W.; Liu, X.; Morgan, M.; Morton, D.; Muzny, D.; Santibanez, J.; Sheth, M.; Shinbrot, E.; Wang, L.; Wang, M.; Wheeler, D.A.; Xi, L.; Zhao, F.; Hess, J.; Appelbaum, E.L.; Bailey, M.; Cordes, M.G.; Ding, L.; Fronick, C.C.; Fulton, L.A.; Fulton, R.S.; Kandoth, C.; Mardis, E.R.; McLellan, M.D.; Miller, C.A.; Schmidt, H.K.; Wilson, R.K.; Crain, D.; Curley, E.; Gardner, J.; Lau, K.; Mallery, D.; Morris, S.; Paulauskis, J.; Penny, R.; Shelton, C.; Shelton, T.; Sherman, M.; Thompson, E.; Yena, P.; Bowen, J.; Gastier-Foster, J.M.; Gerken, M.; Leraas, K.M.; Lichtenberg, T.M.; Ramirez, N.C.; Wise, L.; Zmuda, E.; Corcoran, N.; Costello, T.; Hovens, C.; Carvalho, A.L.; de Carvalho, A.C.; Fregnani, J.H.; Longatto-Filho, A.; Reis, R.M.; Scapulatempo-Neto, C.; Silveira, H.C.S.; Vidal, D.O.; Burnette, A.; Eschbacher, J.; Hermes, B.; Noss, A.; Singh, R.; Anderson, M.L.; Castro, P.D.; Ittmann, M.; Huntsman, D.; Kohl, B.; Le, X.; Thorp, R.; Andry, C.; Duffy, E.R.; Lyadov, V.; Paklina, O.; Setdikova, G.; Shabunin, A.; Tavobilov, M.; McPherson, C.; Warnick, R.; Berkowitz, R.; Cramer, D.; Feltmate, C.; Horowitz, N.; Kibel, A.; Muto, M.; Raut, C.P.; Malykh, A.; Barnholtz-Sloan, J.S.; Barrett, W.; Devine, K.; Fulop, J.; Ostrom, Q.T.; Shimmel, K.; Wolinsky, Y.; Sloan, A.E.; De Rose, A.; Giuliante, F.; Goodman, M.; Karlan, B.Y.; Hagedorn, C.H.; Eckman, J.; Harr, J.; Myers, J.; Tucker, K.; Zach, L.A.; Deyarmin, B.; Hu, H.; Kvecher, L.; Larson, C.; Mural, R.J.; Somiari, S.; Vicha, A.; Zelinka, T.; Bennett, J.; Iacocca, M.; Rabeno, B.; Swanson, P.; Latour, M.; Lacombe, L.; Têtu, B.; Bergeron, A.; McGraw, M.; Staugaitis, S.M.; Chabot, J.; Hibshoosh, H.; Sepulveda, A.; Su, T.; Wang, T.; Potapova, O.; Voronina, O.; Desjardins, L.; Mariani, O.; Roman-Roman, S.; Sastre, X.; Stern, M-H.; Cheng, F.; Signoretti, S.; Berchuck, A.; Bigner, D.; Lipp, E.; Marks, J.; McCall, S.; McLendon, R.; Secord, A.; Sharp, A.; Behera, M.; Brat, D.J.; Chen, A.; Delman, K.; Force, S.; Khuri, F.; Magliocca, K.; Maithel, S.; Olson, J.J.; Owonikoko, T.; Pickens, A.; Ramalingam, S.; Shin, D.M.; Sica, G.; Van Meir, E.G.; Zhang, H.; Eijckenboom, W.; Gillis, A.; Korpershoek, E.; Looijenga, L.; Oosterhuis, W.; Stoop, H.; van Kessel, K.E.; Zwarthoff, E.C.; Calatozzolo, C.; Cuppini, L.; Cuzzubbo, S.; DiMeco, F.; Finocchiaro, G.; Mattei, L.; Perin, A.; Pollo, B.; Chen, C.; Houck, J.; Lohavanichbutr, P.; Hartmann, A.; Stoehr, C.; Stoehr, R.; Taubert, H.; Wach, S.; Wullich, B.; Kycler, W.; Murawa, D.; Wiznerowicz, M.; Chung, K.; Edenfield, W.J.; Martin, J.; Baudin, E.; Bubley, G.; Bueno, R.; De Rienzo, A.; Richards, W.G.; Kalkanis, S.; Mikkelsen, T.; Noushmehr, H.; Scarpace, L.; Girard, N.; Aymerich, M.; Campo, E.; Giné, E.; Guillermo, A.L.; Van Bang, N.; Hanh, P.T.; Phu, B.D.; Tang, Y.; Colman, H.; Evason, K.; Dottino, P.R.; Martignetti, J.A.; Gabra, H.; Juhl, H.; Akeredolu, T.; Stepa, S.; Hoon, D.; Ahn, K.; Kang, K.J.; Beuschlein, F.; Breggia, A.; Birrer, M.; Bell, D.; Borad, M.; Bryce, A.H.; Castle, E.; Chandan, V.; Cheville, J.; Copland, J.A.; Farnell, M.; Flotte, T.; Giama, N.; Ho, T.; Kendrick, M.; Kocher, J-P.; Kopp, K.; Moser, C.; Nagorney, D.; O’Brien, D.; O’Neill, B.P.; Patel, T.; Petersen, G.; Que, F.; Rivera, M.; Roberts, L.; Smallridge, R.; Smyrk, T.; Stanton, M.; Thompson, R.H.; Torbenson, M.; Yang, J.D.; Zhang, L.; Brimo, F.; Ajani, J.A.; Gonzalez, A.M.A.; Behrens, C.; Bondaruk, J.; Broaddus, R.; Czerniak, B.; Esmaeli, B.; Fujimoto, J.; Gershenwald, J.; Guo, C.; Lazar, A.J.; Logothetis, C.; Meric-Bernstam, F.; Moran, C.; Ramondetta, L.; Rice, D.; Sood, A.; Tamboli, P.; Thompson, T.; Troncoso, P.; Tsao, A.; Wistuba, I.; Carter, C.; Haydu, L.; Hersey, P.; Jakrot, V.; Kakavand, H.; Kefford, R.; Lee, K.; Long, G.; Mann, G.; Quinn, M.; Saw, R.; Scolyer, R.; Shannon, K.; Spillane, A.; Stretch; Synott, M.; Thompson, J.; Wilmott, J.; Al-Ahmadie, H.; Chan, T.A.; Ghossein, R.; Gopalan, A.; Levine, D.A.; Reuter, V.; Singer, S.; Singh, B.; Tien, N.V.; Broudy, T.; Mirsaidi, C.; Nair, P.; Drwiega, P.; Miller, J.; Smith, J.; Zaren, H.; Park, J-W.; Hung, N.P.; Kebebew, E.; Linehan, W.M.; Metwalli, A.R.; Pacak, K.; Pinto, P.A.; Schiffman, M.; Schmidt, L.S.; Vocke, C.D.; Wentzensen, N.; Worrell, R.; Yang, H.; Moncrieff, M.; Goparaju, C.; Melamed, J.; Pass, H.; Botnariuc, N.; Caraman, I.; Cernat, M.; Chemencedji, I.; Clipca, A.; Doruc, S.; Gorincioi, G.; Mura, S.; Pirtac, M.; Stancul, I.; Tcaciuc, D.; Albert, M.; Alexopoulou, I.; Arnaout, A.; Bartlett, J.; Engel, J.; Gilbert, S.; Parfitt, J.; Sekhon, H.; Thomas, G.; Rassl, D.M.; Rintoul, R.C.; Bifulco, C.; Tamakawa, R.; Urba, W.; Hayward, N.; Timmers, H.; Antenucci, A.; Facciolo, F.; Grazi, G.; Marino, M.; Merola, R.; de Krijger, R.; Gimenez-Roqueplo, A-P.; Piché, A.; Chevalier, S.; McKercher, G.; Birsoy, K.; Barnett, G.; Brewer, C.; Farver, C.; Naska, T.; Pennell, N.A.; Raymond, D.; Schilero, C.; Smolenski, K.; Williams, F.; Morrison, C.; Borgia, J.A.; Liptay, M.J.; Pool, M.; Seder, C.W.; Junker, K.; Omberg, L.; Dinkin, M.; Manikhas, G.; Alvaro, D.; Bragazzi, M.C.; Cardinale, V.; Carpino, G.; Gaudio, E.; Chesla, D.; Cottingham, S.; Dubina, M.; Moiseenko, F.; Dhanasekaran, R.; Becker, K-F.; Janssen, K-P.; Slotta-Huspenina, J.; Abdel-Rahman, M.H.; Aziz, D.; Bell, S.; Cebulla, C.M.; Davis, A.; Duell, R.; Elder, J.B.; Hilty, J.; Kumar, B.; Lang, J.; Lehman, N.L.; Mandt, R.; Nguyen, P.; Pilarski, R.; Rai, K.; Schoenfield, L.; Senecal, K.; Wakely, P.; Hansen, P.; Lechan, R.; Powers, J.; Tischler, A.; Grizzle, W.E.; Sexton, K.C.; Kastl, A.; Henderson, J.; Porten, S.; Waldmann, J.; Fassnacht, M.; Asa, S.L.; Schadendorf, D.; Couce, M.; Graefen, M.; Huland, H.; Sauter, G.; Schlomm, T.; Simon, R.; Tennstedt, P.; Olabode, O.; Nelson, M.; Bathe, O.; Carroll, P.R.; Chan, J.M.; Disaia, P.; Glenn, P.; Kelley, R.K.; Landen, C.N.; Phillips, J.; Prados, M.; Simko, J.; Smith-McCune, K.; VandenBerg, S.; Roggin, K.; Fehrenbach, A.; Kendler, A.; Sifri, S.; Steele, R.; Jimeno, A.; Carey, F.; Forgie, I.; Mannelli, M.; Carney, M.; Hernandez, B.; Campos, B.; Herold-Mende, C.; Jungk, C.; Unterberg, A.; von Deimling, A.; Bossler, A.; Galbraith, J.; Jacobus, L.; Knudson, M.; Knutson, T.; Ma, D.; Milhem, M.; Sigmund, R.; Godwin, A.K.; Madan, R.; Rosenthal, H.G.; Adebamowo, C.; Adebamowo, S.N.; Boussioutas, A.; Beer, D.; Giordano, T.; Mes-Masson, A-M.; Saad, F.; Bocklage, T.; Landrum, L.; Mannel, R.; Moore, K.; Moxley, K.; Postier, R.; Walker, J.; Zuna, R.; Feldman, M.; Valdivieso, F.; Dhir, R.; Luketich, J.; Pinero, E.M.M.; Quintero-Aguilo, M.; Carlotti, C.G.; Dos Santos, J.S.; Kemp, R.; Sankarankuty, A.; Tirapelli, D.; Catto, J.; Agnew, K.; Swisher, E.; Creaney, J.; Robinson, B.; Shelley, C.S.; Godwin, E.M.; Kendall, S.; Shipman, C.; Bradford, C.; Carey, T.; Haddad, A.; Moyer, J.; Peterson, L.; Prince, M.; Rozek, L.; Wolf, G.; Bowman, R.; Fong, K.M.; Yang, I.; Korst, R.; Rathmell, W.K.; Fantacone-Campbell, J.L.; Hooke, J.A.; Kovatich, A.J.; Shriver, C.D.; DiPersio, J.; Drake, B.; Govindan, R.; Heath, S.; Ley, T.; Van Tine, B.; Westervelt, P.; Rubin, M.A.; Lee, J.I.; Aredes, N.D.; Mariamidze, A. The immune landscape of cancer. Immunity 2018 48 4 812 830.e14 10.1016/j.immuni.2018.03.023 29628290
    [Google Scholar]
27. Yoshihara K. Shahmoradgoli M. Martínez E. Vegesna R. Kim H. Torres-Garcia W. Treviño V. Shen H. Laird P.W. Levine D.A. Carter S.L. Getz G. Stemke-Hale K. Mills G.B. Verhaak R.G.W. Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data. Nat. Commun. 2013 4 1 2612 10.1038/ncomms3612 24113773
    [Google Scholar]
28. Jiang P. Gu S. Pan D. Fu J. Sahu A. Hu X. Li Z. Traugh N. Bu X. Li B. Liu J. Freeman G.J. Brown M.A. Wucherpfennig K.W. Liu X.S. Signatures of T cell dysfunction and exclusion predict cancer immunotherapy response. Nat. Med. 2018 24 10 1550 1558 10.1038/s41591‑018‑0136‑1 30127393
    [Google Scholar]
29. Hänzelmann S. Castelo R. Guinney J. GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-Seq data. BMC Bioinformatics 2013 14 1 7 10.1186/1471‑2105‑14‑7 23323831
    [Google Scholar]
30. Liang Y. Zhang H. Song X. Yang Q. Metastatic heterogeneity of breast cancer: Molecular mechanism and potential therapeutic targets. Semin. Cancer Biol. 2020 60 14 27 10.1016/j.semcancer.2019.08.012 31421262
    [Google Scholar]
31. Hoadley K.A. Yau C. Hinoue T. Wolf D.M. Lazar A.J. Drill E. Shen R. Taylor A.M. Cherniack A.D. Thorsson V. Akbani R. Bowlby R. Wong C.K. Wiznerowicz M. Sanchez-Vega F. Robertson A.G. Schneider B.G. Lawrence M.S. Noushmehr H. Malta T.M. Caesar-Johnson S.J. Demchok J.A. Felau I. Kasapi M. Ferguson M.L. Hutter C.M. Sofia H.J. Tarnuzzer R. Wang Z. Yang L. Zenklusen J.C. Zhang J.J. Chudamani S. Liu J. Lolla L. Naresh R. Pihl T. Sun Q. Wan Y. Wu Y. Cho J. DeFreitas T. Frazer S. Gehlenborg N. Getz G. Heiman D.I. Kim J. Lawrence M.S. Lin P. Meier S. Noble M.S. Saksena G. Voet D. Zhang H. Bernard B. Chambwe N. Dhankani V. Knijnenburg T. Kramer R. Leinonen K. Liu Y. Miller M. Reynolds S. Shmulevich I. Thorsson V. Zhang W. Akbani R. Broom B.M. Hegde A.M. Ju Z. Kanchi R.S. Korkut A. Li J. Liang H. Ling S. Liu W. Lu Y. Mills G.B. Ng, K-S.; Rao, A.; Ryan, M.; Wang, J.; Weinstein, J.N.; Zhang, J.; Abeshouse, A.; Armenia, J.; Chakravarty, D.; Chatila, W.K.; de Bruijn, I.; Gao, J.; Gross, B.E.; Heins, Z.J.; Kundra, R.; La, K.; Ladanyi, M.; Luna, A.; Nissan, M.G.; Ochoa, A.; Phillips, S.M.; Reznik, E.; Sanchez-Vega, F.; Sander, C.; Schultz, N.; Sheridan, R.; Sumer, S.O.; Sun, Y.; Taylor, B.S.; Wang, J.; Zhang, H.; Anur, P.; Peto, M.; Spellman, P.; Benz, C.; Stuart, J.M.; Wong, C.K.; Yau, C.; Hayes, D.N.; Parker, J.S.; Wilkerson, M.D.; Ally, A.; Balasundaram, M.; Bowlby, R.; Brooks, D.; Carlsen, R.; Chuah, E.; Dhalla, N.; Holt, R.; Jones, S.J.M.; Kasaian, K.; Lee, D.; Ma, Y.; Marra, M.A.; Mayo, M.; Moore, R.A.; Mungall, A.J.; Mungall, K.; Robertson, A.G.; Sadeghi, S.; Schein, J.E.; Sipahimalani, P.; Tam, A.; Thiessen, N.; Tse, K.; Wong, T.; Berger, A.C.; Beroukhim, R.; Cherniack, A.D.; Cibulskis, C.; Gabriel, S.B.; Gao, G.F.; Ha, G.; Meyerson, M.; Schumacher, S.E.; Shih, J.; Kucherlapati, M.H.; Kucherlapati, R.S.; Baylin, S.; Cope, L.; Danilova, L.; Bootwalla, M.S.; Lai, P.H.; Maglinte, D.T.; Van Den Berg, D.J.; Weisenberger, D.J.; Auman, J.T.; Balu, S.; Bodenheimer, T.; Fan, C.; Hoadley, K.A.; Hoyle, A.P.; Jefferys, S.R.; Jones, C.D.; Meng, S.; Mieczkowski, P.A.; Mose, L.E.; Perou, A.H.; Perou, C.M.; Roach, J.; Shi, Y.; Simons, J.V.; Skelly, T.; Soloway, M.G.; Tan, D.; Veluvolu, U.; Fan, H.; Hinoue, T.; Laird, P.W.; Shen, H.; Zhou, W.; Bellair, M.; Chang, K.; Covington, K.; Creighton, C.J.; Dinh, H.; Doddapaneni, H.V.; Donehower, L.A.; Drummond, J.; Gibbs, R.A.; Glenn, R.; Hale, W.; Han, Y.; Hu, J.; Korchina, V.; Lee, S.; Lewis, L.; Li, W.; Liu, X.; Morgan, M.; Morton, D.; Muzny, D.; Santibanez, J.; Sheth, M.; Shinbrot, E.; Wang, L.; Wang, M.; Wheeler, D.A.; Xi, L.; Zhao, F.; Hess, J.; Appelbaum, E.L.; Bailey, M.; Cordes, M.G.; Ding, L.; Fronick, C.C.; Fulton, L.A.; Fulton, R.S.; Kandoth, C.; Mardis, E.R.; McLellan, M.D.; Miller, C.A.; Schmidt, H.K.; Wilson, R.K.; Crain, D.; Curley, E.; Gardner, J.; Lau, K.; Mallery, D.; Morris, S.; Paulauskis, J.; Penny, R.; Shelton, C.; Shelton, T.; Sherman, M.; Thompson, E.; Yena, P.; Bowen, J.; Gastier-Foster, J.M.; Gerken, M.; Leraas, K.M.; Lichtenberg, T.M.; Ramirez, N.C.; Wise, L.; Zmuda, E.; Corcoran, N.; Costello, T.; Hovens, C.; Carvalho, A.L.; de Carvalho, A.C.; Fregnani, J.H.; Longatto-Filho, A.; Reis, R.M.; Scapulatempo- Neto, C.; Silveira, H.C.S.; Vidal, D.O.; Burnette, A.; Eschbacher, J.; Hermes, B.; Noss, A.; Singh, R.; Anderson, M.L.; Castro, P.D.; Ittmann, M.; Huntsman, D.; Kohl, B.; Le, X.; Thorp, R.; Andry, C.; Duffy, E.R.; Lyadov, V.; Paklina, O.; Setdikova, G.; Shabunin, A.; Tavobilov, M.; McPherson, C.; Warnick, R.; Berkowitz, R.; Cramer, D.; Feltmate, C.; Horowitz, N.; Kibel, A.; Muto, M.; Raut, C.P.; Malykh, A.; Barnholtz-Sloan, J.S.; Barrett, W.; Devine, K.; Fulop, J.; Ostrom, Q.T.; Shimmel, K.; Wolinsky, Y.; Sloan, A.E.; De Rose, A.; Giuliante, F.; Goodman, M.; Karlan, B.Y.; Hagedorn, C.H.; Eckman, J.; Harr, J.; Myers, J.; Tucker, K.; Zach, L.A.; Deyarmin, B.; Hu, H.; Kvecher, L.; Larson, C.; Mural, R.J.; Somiari, S.; Vicha, A.; Zelinka, T.; Bennett, J.; Iacocca, M.; Rabeno, B.; Swanson, P.; Latour, M.; Lacombe, L.; Têtu, B.; Bergeron, A.; McGraw, M.; Staugaitis, S.M.; Chabot, J.; Hibshoosh, H.; Sepulveda, A.; Su, T.; Wang, T.; Potapova, O.; Voronina, O.; Desjardins, L.; Mariani, O.; Roman-Roman, S.; Sastre, X.; Stern, M-H.; Cheng, F.; Signoretti, S.; Berchuck, A.; Bigner, D.; Lipp, E.; Marks, J.; McCall, S.; McLendon, R.; Secord, A.; Sharp, A.; Behera, M.; Brat, D.J.; Chen, A.; Delman, K.; Force, S.; Khuri, F.; Magliocca, K.; Maithel, S.; Olson, J.J.; Owonikoko, T.; Pickens, A.; Ramalingam, S.; Shin, D.M.; Sica, G.; Van Meir, E.G.; Zhang, H.; Eijckenboom, W.; Gillis, A.; Korpershoek, E.; Looijenga, L.; Oosterhuis, W.; Stoop, H.; van Kessel, K.E.; Zwarthoff, E.C.; Calatozzolo, C.; Cuppini, L.; Cuzzubbo, S.; DiMeco, F.; Finocchiaro, G.; Mattei, L.; Perin, A.; Pollo, B.; Chen, C.; Houck, J.; Lohavanichbutr, P.; Hartmann, A.; Stoehr, C.; Stoehr, R.; Taubert, H.; Wach, S.; Wullich, B.; Kycler, W.; Murawa, D.; Wiznerowicz, M.; Chung, K.; Edenfield, W.J.; Martin, J.; Baudin, E.; Bubley, G.; Bueno, R.; De Rienzo, A.; Richards, W.G.; Kalkanis, S.; Mikkelsen, T.; Noushmehr, H.; Scarpace, L.; Girard, N.; Aymerich, M.; Campo, E.; Giné, E.; Guillermo, A.L.; Van Bang, N.; Hanh, P.T.; Phu, B.D.; Tang, Y.; Colman, H.; Evason, K.; Dottino, P.R.; Martignetti, J.A.; Gabra, H.; Juhl, H.; Akeredolu, T.; Stepa, S.; Hoon, D.; Ahn, K.; Kang, K.J.; Beuschlein, F.; Breggia, A.; Birrer, M.; Bell, D.; Borad, M.; Bryce, A.H.; Castle, E.; Chandan, V.; Cheville, J.; Copland, J.A.; Farnell, M.; Flotte, T.; Giama, N.; Ho, T.; Kendrick, M.; Kocher, J-P.; Kopp, K.; Moser, C.; Nagorney, D.; O’Brien, D.; O’Neill, B.P.; Patel, T.; Petersen, G.; Que, F.; Rivera, M.; Roberts, L.; Smallridge, R.; Smyrk, T.; Stanton, M.; Thompson, R.H.; Torbenson, M.; Yang, J.D.; Zhang, L.; Brimo, F.; Ajani, J.A.; Gonzalez, A.M.A.; Behrens, C.; Bondaruk, ; Broaddus, R.; Czerniak, B.; Esmaeli, B.; Fujimoto, J.; Gershenwald, J.; Guo, C.; Lazar, A.J.; Logothetis, C.; Meric-Bernstam, F.; Moran, C.; Ramondetta, L.; Rice, D.; Sood, A.; Tamboli, P.; Thompson, T.; Troncoso, P.; Tsao, A.; Wistuba, I.; Carter, C.; Haydu, L.; Hersey, P.; Jakrot, V.; Kakavand, H.; Kefford, R.; Lee, K.; Long, G.; Mann, G.; Quinn, M.; Saw, R.; Scolyer, R.; Shannon, K.; Spillane, A.; Stretch, J.; Synott, M.; Thompson, J.; Wilmott, J.; Al- Ahmadie, H.; Chan, T.A.; Ghossein, R.; Gopalan, A.; Levine, D.A.; Reuter, V.; Singer, S.; Singh, B.; Tien, N.V.; Broudy, T.; Mirsaidi, C.; Nair, P.; Drwiega, P.; Miller, J.; Smith, J.; Zaren, H.; Park, J-W.; Hung, N.P.; Kebebew, E.; Linehan, W.M.; Metwalli, A.R.; Pacak, K.; Pinto, P.A.; Schiffman, M.; Schmidt, L.S.; Vocke, C.D.; Wentzensen, N.; Worrell, R.; Yang, H.; Moncrieff, M.; Goparaju, C.; Melamed, J.; Pass, H.; Botnariuc, N.; Caraman, I.; Cernat, M.; Chemencedji, I.; Clipca, A.; Doruc, S.; Gorincioi, G.; Mura, S.; Pirtac, M.; Stancul, I.; Tcaciuc, D.; Albert, M.; Alexopoulou, I.; Arnaout, A.; Bartlett, J.; Engel, J.; Gilbert, S.; Parfitt, J.; Sekhon, H.; Thomas, G.; Rassl, D.M.; Rintoul, R.C.; Bifulco, C.; Tamakawa, R.; Urba, W.; Hayward, N.; Timmers, H.; Antenucci, A.; Facciolo, F.; Grazi, G.; Marino, M.; Merola, R.; de Krijger, R.; Gimenez-Roqueplo, A-P.; Piché, A.; Chevalier, S.; McKercher, G.; Birsoy, K.; Barnett, G.; Brewer, C.; Farver, C.; Naska, T.; Pennell, N.A.; Raymond, D.; Schilero, C.; Smolenski, K.; Williams, F.; Morrison, C.; Borgia, J.A.; Liptay, M.J.; Pool, M.; Seder, C.W.; Junker, K.; Omberg, L.; Dinkin, M.; Manikhas, G.; Alvaro, D.; Bragazzi, M.C.; Cardinale, V.; Carpino, G.; Gaudio, E.; Chesla, D.; Cottingham, S.; Dubina, M.; Moiseenko, F.; Dhanasekaran, R.; Becker, K-F.; Janssen, K-P.; Slotta-Huspenina, J.; Abdel-Rahman, M.H.; Aziz, D.; Bell, S.; Cebulla, C.M.; Davis, A.; Duell, R.; Elder, J.B.; Hilty, J.; Kumar, B.; Lang, J.; Lehman, N.L.; Mandt, R.; Nguyen, P.; Pilarski, R.; Rai, K.; Schoenfield, L.; Senecal, K.; Wakely, P.; Hansen, P.; Lechan, R.; Powers, J.; Tischler, A.; Grizzle, W.E.; Sexton, K.C.; Kastl, A.; Henderson, J.; Porten, S.; Waldmann, J.; Fassnacht, M.; Asa, S.L.; Schadendorf, D.; Couce, M.; Graefen, M.; Huland, H.; Sauter, G.; Schlomm, T.; Simon, R.; Tennstedt, P.; Olabode, O.; Nelson, M.; Bathe, O.; Carroll, P.R.; Chan, J.M.; Disaia, P.; Glenn, P.; Kelley, R.K.; Landen, C.N.; Phillips, J.; Prados, M.; Simko, J.; Smith-McCune, K.; VandenBerg, S.; Roggin, K.; Fehrenbach, A.; Kendler, A.; Sifri, S.; Steele, R.; Jimeno, A.; Carey, F.; Forgie, I.; Mannelli, M.; Carney, M.; Hernandez, B.; Campos, B.; Herold-Mende, C.; Jungk, C.; Unterberg, A.; von Deimling, A.; Bossler, A.; Galbraith, J.; Jacobus, L.; Knudson, M.; Knutson, T.; Ma, D.; Milhem, M.; Sigmund, R.; Godwin, A.K.; Madan, R.; Rosenthal, H.G.; Adebamowo, C.; Adebamowo, S.N.; Boussioutas, A.; Beer, D.; Giordano, T.; Mes-Masson, A-M.; Saad, F.; Bocklage, T.; Landrum, L.; Mannel, R.; Moore, K.; Moxley, K.; Postier, R.; Walker, J.; Zuna, R.; Feldman, M.; Valdivieso, F.; Dhir, R.; Luketich, J.; Pinero, E.M.M.; Quintero-Aguilo, M.; Carlotti, C.G.; Dos Santos, J.S.; Kemp, R.; Sankarankuty, A.; Tirapelli, D.; Catto, J.; Agnew, K.; Swisher, E.; Creaney, J.; Robinson, B.; Shelley, C.S.; Godwin, E.M.; Kendall, S.; Shipman, C.; Bradford, C.; Carey, T.; Haddad, A.; Moyer, J.; Peterson, L.; Prince, M.; Rozek, L.; Wolf, G.; Bowman, R.; Fong, K.M.; Yang, I.; Korst, R.; Rathmell, W.K.; Fantacone-Campbell, J.L.; Hooke, J.A.; Kovatich, A.J.; Shriver, C.D.; DiPersio, J.; Drake, B.; Govindan, R.; Heath, S.; Ley, T.; Van Tine, B.; Westervelt, P.; Rubin, M.A.; Lee, J.I.; Aredes, N.D.; Mariamidze, A.; Stuart, J.M.; Benz, C.C.; Laird, P.W. Cell-of-origin patterns dominate the molecular classification of 10,000 Tumors from 33 types of cancer Cell 2018 173 2 291 304 e6 10.1016/j.cell.2018.03.022 29625048
    [Google Scholar]
32. Aaltonen L.A. Abascal F. Abeshouse A. Aburatani H. Adams D.J. Agrawal N. Ahn K.S. Ahn S-M. Aikata H. Akbani R. Akdemir K.C. Al-Ahmadie H. Al-Sedairy S.T. Al-Shahrour F. Alawi M. Albert M. Aldape K. Alexandrov L.B. Ally A. Alsop K. Alvarez E.G. Amary F. Amin S.B. Aminou B. Ammerpohl O. Anderson M.J. Ang Y. Antonello D. Anur P. Aparicio S. Appelbaum E.L. Arai Y. Aretz A. Arihiro K. Ariizumi S. Armenia J. Arnould L. Asa S. Assenov Y. Atwal G. Aukema S. Auman J.T. Aure M.R.R. Awadalla P. Aymerich M. Bader G.D. Baez-Ortega A. Bailey M.H. Bailey P.J. Balasundaram M. Balu S. Bandopadhayay P. Banks R.E. Barbi S. Barbour A.P. Barenboim J. Barnholtz-Sloan J. Barr H. Barrera E. Bartlett J. Bartolome J. Bassi C. Bathe O.F. Baumhoer D. Bavi P. Baylin S.B. Bazant, W.; Beardsmore, D.; Beck, T.A.; Behjati, S.; Behren, A.; Niu, B.; Bell, C.; Beltran, S.; Benz, C.; Berchuck, A.; Bergmann, A.K.; Bergstrom, E.N.; Berman, B.P.; Berney, D.M.; Bernhart, S.H.; Beroukhim, R.; Berrios, M.; Bersani, S.; Bertl, J.; Betancourt, M.; Bhandari, V.; Bhosle, S.G.; Biankin, A.V.; Bieg, M.; Bigner, D.; Binder, H.; Birney, E.; Birrer, M.; Biswas, N.K.; Bjerkehagen, B.; Bodenheimer, T.; Boice, L.; Bonizzato, G.; De Bono, J.S.; Boot, A.; Bootwalla, M.S.; Borg, A.; Borkhardt, A.; Boroevich, K.A.; Borozan, I.; Borst, C.; Bosenberg, M.; Bosio, M.; Boultwood, J.; Bourque, G.; Boutros, P.C.; Bova, G.S.; Bowen, D.T.; Bowlby, R.; Bowtell, D.D.L.; Boyault, S.; Boyce, R.; Boyd, J.; Brazma, A.; Brennan, P.; Brewer, D.S.; Brinkman, A.B.; Bristow, R.G.; Broaddus, R.R.; Brock, J.E.; Brock, M.; Broeks, A.; Brooks, A.N.; Brooks, D.; Brors, B.; Brunak, S.; Bruxner, T.J.C.; Bruzos, A.L.; Buchanan, A.; Buchhalter, I.; Buchholz, C.; Bullman, S.; Burke, H.; Burkhardt, B.; Burns, K.H.; Busanovich, J.; Bustamante, C.D.; Butler, A.P.; Butte, A.J.; Byrne, N.J.; Børresen-Dale, A-L.; Caesar-Johnson, S.J.; Cafferkey, A.; Cahill, D.; Calabrese, C.; Caldas, C.; Calvo, F.; Camacho, N.; Campbell, P.J.; Campo, E.; Cantù, C.; Cao, S.; Carey, T.E.; Carlevaro-Fita, J.; Carlsen, R.; Cataldo, I.; Cazzola, M.; Cebon, J.; Cerfolio, R.; Chadwick, D.E.; Chakravarty, D.; Chalmers, D.; Chan, C.W.Y.; Chan, K.; Chan-Seng-Yue, M.; Chandan, V.S.; Chang, D.K.; Chanock, S.J.; Chantrill, L.A.; Chateigner, A.; Chatterjee, N.; Chayama, K.; Chen, H-W.; Chen, J.; Chen, K.; Chen, Y.; Chen, Z.; Cherniack, A.D.; Chien, J.; Chiew, Y-E.; Chin, S-F.; Cho, J.; Cho, S.; Choi, J.K.; Choi, W.; Chomienne, C.; Chong, Z.; Choo, S.P.; Chou, A.; Christ, A.N.; Christie, E.L.; Chuah, E.; Cibulskis, C.; Cibulskis, K.; Cingarlini, S.; Clapham, P.; Claviez, A.; Cleary, S.; Cloonan, N.; Cmero, M.; Collins, C.C.; Connor, A.A.; Cooke, S.L.; Cooper, C.S.; Cope, L.; Corbo, V.; Cordes, M.G.; Cordner, S.M.; Cortés-Ciriano, I.; Covington, K.; Cowin, P.A.; Craft, B.; Craft, D.; Creighton, C.J.; Cun, Y.; Curley, E.; Cutcutache, I.; Czajka, K.; Czerniak, B.; Dagg, R.A.; Danilova, L.; Davi, M.V.; Davidson, N.R.; Davies, H.; Davis, I.J.; Davis-Dusenbery, B.N.; Dawson, K.J.; De La Vega, F.M.; De Paoli-Iseppi, R.; Defreitas, T.; Tos, A.P.D.; Delaneau, O.; Demchok, J.A.; Demeulemeester, J.; Demidov, G.M.; Demircioğlu, D.; Dennis, N.M.; Denroche, R.E.; Dentro, S.C.; Desai, N.; Deshpande, V.; Deshwar, A.G.; Desmedt, C.; Deu-Pons, J.; Dhalla, N.; Dhani, N.C.; Dhingra, P.; Dhir, R.; DiBiase, A.; Diamanti, K.; Ding, L.; Ding, S.; Dinh, H.Q.; Dirix, L.; Doddapaneni, H.V.; Donmez, N.; Dow, M.T.; Drapkin, R.; Drechsel, O.; Drews, R.M.; Serge, S.; Dudderidge, T.; Dueso-Barroso, A.; Dunford, A.J.; Dunn, M.; Dursi, L.J.; Duthie, F.R.; Dutton-Regester, K.; Eagles, J.; Easton, D.F.; Edmonds, S.; Edwards, P.A.; Edwards, S.E.; Eeles, R.A.; Ehinger, A.; Eils, J.; Eils, R.; El-Naggar, A.; Eldridge, M.; Ellrott, K.; Erkek, S.; Escaramis, G.; Espiritu, S.M.G.; Estivill, X.; Etemadmoghadam, D.; Eyfjord, J.E.; Faltas, B.M.; Fan, D.; Fan, Y.; Faquin, W.C.; Farcas, C.; Fassan, M.; Fatima, A.; Favero, F.; Fayzullaev, N.; Felau, I.; Fereday, S.; Ferguson, M.L.; Ferretti, V.; Feuerbach, L.; Field, M.A.; Fink, J.L.; Finocchiaro, G.; Fisher, C.; Fittall, M.W.; Fitzgerald, A.; Fitzgerald, R.C.; Flanagan, A.M.; Fleshner, N.E.; Flicek, P.; Foekens, J.A.; Fong, K.M.; Fonseca, N.A.; Foster, C.S.; Fox, N.S.; Fraser, M.; Frazer, S.; Frenkel- Morgenstern, M.; Friedman, W.; Frigola, J.; Fronick, C.C.; Fujimoto, A.; Fujita, M.; Fukayama, M.; Fulton, L.A.; Fulton, R.S.; Furuta, M.; Futreal, P.A.; Füllgrabe, A.; Gabriel, S.B.; Gallinger, S.; Gambacorti-Passerini, C.; Gao, J.; Gao, S.; Garraway, L.; Garred, Ø.; Garrison, E.; Garsed, D.W.; Gehlenborg, N.; Gelpi, J.L.L.; George, J.; Gerhard, D.S.; Gerhauser, C.; Gershenwald, J.E.; Gerstein, M.; Gerstung, M.; Getz, G.; Ghori, M.; Ghossein, R.; Giama, N.H.; Gibbs, R.A.; Gibson, B.; Gill, A.J.; Gill, P.; Giri, D.D.; Glodzik, D.; Gnanapragasam, V.J.; Goebler, M.E.; Goldman, M.J.; Gomez, C.; Gonzalez, S.; Gonzalez-Perez, A.; Gordenin, D.A.; Gossage, J.; Gotoh, K.; Govindan, R.; Grabau, D.; Graham, J.S.; Grant, R.C.; Green, A.R.; Green, E.; Greger, L.; Grehan, N.; Grimaldi, S.; Grimmond, S.M.; Grossman, R.L.; Grundhoff, A.; Gundem, G.; Guo, Q.; Gupta, M.; Gupta, S.; Gut, I.G.; Gut, M.; Göke, J.; Ha, G.; Haake, A.; Haan, D.; Haas, S.; Haase, K.; Haber, J.E.; Habermann, N.; Hach, F.; Haider, S.; Hama, N.; Hamdy, F.C.; Hamilton, A.; Hamilton, M.P.; Han, L.; Hanna, G.B.; Hansmann, M.; Haradhvala, N.J.; Harismendy, O.; Harliwong, I.; Harmanci, A.O.; Harrington, E.; Hasegawa, T.;Haussler, D.; Hawkins, S.; Hayami, S.; Hayashi, S.; Hayes, D.N.; Hayes, S.J.; Hayward, N.K.; Hazell, S.; He, Y.; Heath, A.P.; Heath, S.C.; Hedley, D.; Hegde, A.M.; Heiman, D.I.; Heinold, M.C.; Heins, Z.; Heisler, L.E.; Hellstrom-Lindberg, E.; Helmy, M.; Heo, S.G.; Hepperla, A.J.; Heredia-Genestar, J.M.; Herrmann, C.; Hersey, P.; Hess, J.M.; Hilmarsdottir, H.; Hinton, J.; Hirano, S.; Hiraoka, N.; Hoadley, K.A.; Hobolth, A.; Hodzic, E.; Hoell, J.I.; Hoffmann, S.; Hofmann, O.; Holbrook, A.; Holik, A.Z.; Hollingsworth, M.A.; Holmes, O.; Holt, R.A.; Hong, C.; Hong, E.P.; Hong, J.H.; Hooijer, G.K.; Hornshøj, H.; Hosoda, F.; Hou, Y.; Hovestadt, V.; Howat, W.; Hoyle, A.P.; Hruban, R.H.; Hu, J.; Hu, T.; Hua, X.; Huang, K.; Huang, M.; Huang, M.N.; Huang, V.; Huang, Y.; Huber, W.; Hudson, T.J.; Hummel, M.; Hung, J.A.; Huntsman, D.; Hupp, T.R.; Huse, J.; Huska, M.R.; Hutter, B.; Hutter, C.M.; Hübschmann, D.; Iacobuzio-Donahue, C.A.; Imbusch, C.D.; Imielinski, M.; Imoto, S.; Isaacs, W.B.; Isaev, K.; Ishikawa, S.; Iskar, M.; Islam, S.M.A.; Ittmann, M.; Ivkovic, S.; Izarzugaza, J.M.G.; Jacquemier, J.; Jakrot, V.; Jamieson, N.B.; Jang, G.H.; Jang, S.J.; Jayaseelan, J.C.; Jayasinghe, R.; Jefferys, S.R.; Jegalian, K.; Jennings, J.L.; Jeon, S-H.; Jerman, L.; Ji, Y.; Jiao, W.; Johansson, P.A.; Johns, A.L.; Johns, J.; Johnson, R.; Johnson, T.A.; Jolly, C.; Joly, Y.; Jonasson, J.G.; Jones, C.D.; Jones, D.R.; Jones, D.T.W.; Jones, N.; Jones, S.J.M.; Jonkers, J.; Ju, Y.S.; Juhl, H.; Jung, J.; Juul, M.; Juul, R.I.; Juul, S.; Jäger, N.; Kabbe, R.; Kahles, A.; Kahraman, A.; Kaiser, V.B.; Kakavand, H.; Kalimuthu, S.; von Kalle, C.; Kang, K.J.; Karaszi, K.; Karlan, B.; Karlić, R.; Karsch, D.; Kasaian, K.; Kassahn, K.S.; Katai, H.; Kato, M.; Katoh, H.; Kawakami, Y.; Kay, J.D.; Kazakoff, S.H.; Kazanov, M.D.; Keays, M.; Kebebew, E.; Kefford, R.F.; Kellis, M.; Kench, J.G.; Kennedy, C.J.; Kerssemakers, J.N.A.; Khoo, D.; Khoo, V.; Khuntikeo, N.; Khurana, E.; Kilpinen, H.; Kim, H.K.; Kim, H-L.; Kim, H-Y.; Kim, H.; Kim, J.; Kim, J.; Kim, J.K.; Kim, Y.; King, T.A.; Klapper, W.; Kleinheinz, K.; Klimczak, L.J.; Knappskog, S.; Kneba, M.; Knoppers, B.M.; Koh, Y.; Komorowski, J.; Komura, D.; Komura, M.; Kong, G.; Kool, M.; Korbel, J.O.; Korchina, V.; Korshunov, A.; Koscher, M.; Koster, R.; Kote-Jarai, Z.; Koures, A.; Kovacevic, M.; Kremeyer, B.; Kretzmer, H.; Kreuz, M.; Krishnamurthy, S.; Kube, D.; Kumar, K.; Kumar, P.; Kumar, S.; Kumar, Y.; Kundra, R.; Kübler, K.; Küppers, R.; Lagergren, J.; Lai, P.H.; Laird, P.W.; Lakhani, S.R.; Lalansingh, C.M.; Lalonde, E.; Lamaze, F.C.; Lambert, A.; Lander, E.; Landgraf, P.; Landoni, L.; Langerød, A.; Lanzós, A.; Larsimont, D.; Larsson, E.; Lathrop, M.; Lau, L.M.S.; Lawerenz, C.; Lawlor, R.T.; Lawrence, M.S.; Lazar, A.J.; Lazic, A.M.; Le, X.; Lee, D.; Lee, D.; Lee, E.A.; Lee, H.J.; Lee, J.J-K.; Lee, J-Y.; Lee, J.; Lee, M.T.M.; Lee-Six, H.; Lehmann, K-V.; Lehrach, H.; Lenze, D.; Leonard, C.R.; Leongamornlert, D.A.; Leshchiner, I.; Letourneau, L.; Letunic, I.; Levine, D.A.; Lewis, L.; Ley, T.; Li, C.; Li, C.H.; Li, H.I.; Li, J.; Li, L.; Li, S.; Li, S.; Li, X.; Li, X.; Li, X.; Li, Y.; Liang, H.; Liang, S-B.; Lichter, P.; Lin, P.; Lin, Z.; Linehan, W.M.; Lingjærde, O.C.; Liu, D.; Liu, E.M.; Liu, F-F.F.; Liu, F.; Liu, J.; Liu, X.; Livingstone, J.; Livitz, D.; Livni, N.; Lochovsky, L.; Loeffler, M.; Long, G.V.; Lopez-Guillermo, A.; Lou, S.; Louis, D.N.; Lovat, L.B.; Lu, Y.; Lu, Y-J.; Lu, Y.; Luchini, C.; Lungu, I.; Luo, X.; Luxton, H.J.; Lynch, A.G.; Lype, L.; López, C.; López-Otín, C.; Ma, E.Z.; Ma, Y.; MacGrogan, G.; MacRae, S.; Macintyre, G.; Madsen, T.; Maejima, K.; Mafficini, A.; Maglinte, D.T.; Maitra, A.; Majumder, P.P.; Malcovati, L.; Malikic, S.; Malleo, G.; Mann, G.J.; Mantovani- Löffler, L.; Marchal, K.; Marchegiani, G.; Mardis, E.R.; Margolin, A.A.; Marin, M.G.; Markowetz, F.; Markowski, J.; Marks, J.; Marques-Bonet, T.; Marra, M.A.; Marsden, L.; Martens, J.W.M.; Martin, S.; Martin-Subero, J.I.; Martincorena, I.; Martinez- Fundichely, A.; Maruvka, Y.E.; Mashl, R.J.; Massie, C.E.; Matthew, T.J.; Matthews, L.; Mayer, E.; Mayes, S.; Mayo, M.; Mbabaali, F.; McCune, K.; McDermott, U.; McGillivray, P.D.; McLellan, M.D.; McPherson, J.D.; McPherson, J.R.; McPherson, T.A.; Meier, S.R.; Meng, A.; Meng, S.; Menzies, A.; Merrett, N.D.; Merson, S.; Meyerson, M.; Meyerson, W.; Mieczkowski, P.A.; Mihaiescu, G.L.; Mijalkovic, S.; Mikkelsen, T.; Milella, M.; Mileshkin, L.; Miller, C.A.; Miller, D.K.; Miller, J.K.; Mills, G.B.; Milovanovic, A.; Minner, S.; Miotto, M.; Arnau, G.M.; Mirabello, L.; Mitchell, C.; Mitchell, T.J.; Miyano, S.; Miyoshi, N.; Mizuno, S.; Molnár-Gábor, F.; Moore, M.J.; Moore, R.A.; Morganella, S.; Morris, Q.D.; Morrison, C.; Mose, L.E.; Moser, C.D.; Muiños, F.; Mularoni, L.; Mungall, A.J.; Mungall, K.; Musgrove, E.A.; Mustonen, V.; Mutch, D.; Muyas, F.; Muzny, D.M.; Muñoz, A.; Myers, J.; Myklebost, O.; Möller, P.; Nagae, G.; Nagrial, A.M.; Nahal-Bose, H.K.; Nakagama, H.; Nakagawa, H.; Nakamura, H.; Nakamura, T.; Nakano, K.; Nandi, T.; Nangalia, J.; Nastic, M.; Navarro, A.; Navarro, F.C.P.; Neal, D.E.; Nettekoven, G.; Newell, F.; Newhouse, S.J.; Newton, Y.; Ng, A.W.T.; Ng, A.; Nicholson, J.; Nicol, D.; Nie, Y.; Nielsen, G.P.; Nielsen, M.M.; Nik-Zainal, S.; Noble, M.S.; Nones, K.; Northcott, P.A.; Notta, F.; O’Connor, B.D.; O’Donnell, P.; O’Donovan, M.; O’Meara, S.; O’Neill, B.P.; O’Neill, J.R.; Ocana, D.; Ochoa, A.; Oesper, L.; Ogden, C.; Ohdan, H.; Ohi, K.; Ohno-Machado, L.; Oien, K.A.; Ojesina, A.I.; Ojima, H.; Okusaka, T.; Omberg, L.; Ong, C.K.; Ossowski, S.; Ott, G.; Ouellette, B.F.F.; P’ng, C.; Paczkowska, M.; Paiella, S.; Pairojkul, C.; Pajic, M.; Pan-Hammarström, Q.; Papaemmanuil, E.; Papatheodorou, I.; Paramasivam, N.; Park, J.W.; Park, J-W.; Park, K.; Park, K.; Park, P.J.; Parker, J.S.; Parsons, S.L.; Pass, H.; Pasternack, D.; Pastore, A.; Patch, A-M.; Pauporté, I.; Pea, A.; Pearson, J.V.; Pedamallu, C.S.; Pedersen, J.S.; Pederzoli, P.; Peifer, M.; Pennell, N.A.; Perou, C.M.; Perry, M.D.; Petersen, G.M.; Peto, M.; Petrelli, N.; Petryszak, R.; Pfister, S.M.; Phillips, M.; Pich, O.; Pickett, H.A.; Pihl, T.D.; Pillay, N.; Pinder, S.; Pinese, M.; Pinho, A.V.; Pitkänen, E.; Pivot, X.; Piñeiro-Yáñez, E.; Planko, L.; Plass, C.; Polak, P.; Pons, T.; Popescu, I.; Potapova, O.; Prasad, A.; Preston, S.R.; Prinz, M.; Pritchard, A.L.; Prokopec, S.D.; Provenzano, E.; Puente, X.S.; Puig, S.; Puiggròs, M.; Pulido- Tamayo, S.; Pupo, G.M.; Purdie, C.A.; Quinn, M.C.; Rabionet, R.; Rader, J.S.; Radlwimmer, B.; Radovic, P.; Raeder, B.; Raine, K.M.; Ramakrishna, M.; Ramakrishnan, K.; Ramalingam, S.; Raphael, B.J.; Rathmell, W.K.; Rausch, T.; Reifenberger, G.; Reimand, J.; Reis-Filho, J.; Reuter, V.; Reyes-Salazar, I.; Reyna, M.A.; Reynolds, S.M.; Rheinbay, E.; Riazalhosseini, Y.; Richardson, A.L.; Richter, J.; Ringel, M.; Ringnér, M.; Rino, Y.; Rippe, K.; Roach, J.; Roberts, L.R.; Roberts, N.D.; Roberts, S.A.; Robertson, A.G.; Robertson, A.J.; Rodriguez, J.B.; Rodriguez-Martin, B.; Rodríguez-González, F.G.; Roehrl, M.H.A.; Rohde, M.; Rokutan, H.; Romieu, G.; Rooman, I.; Roques, T.; Rosebrock, D.; Rosenberg, M.; Rosenstiel, P.C.; Rosenwald, A.; Rowe, E.W.; Royo, R.; Rozen, S.G.; Rubanova, Y.; Rubin, M.A.; Rubio-Perez, C.; Rudneva, V.A.; Rusev, B.C.; Ruzzenente, A.; Rätsch, G.; Sabarinathan, R.; Sabelnykova, V.Y.; Sadeghi, S.; Sahinalp, S.C.; Saini, N.; Saito-Adachi, M.; Saksena, G.; Salcedo, A.; Salgado, R.; Salichos, L.; Sallari, R.; Saller, C.; Salvia, R.; Sam, M.; Samra, J.S.; Sanchez-Vega, F.; Sander, C.; Sanders, G.; Sarin, R.; Sarrafi, I.; Sasaki-Oku, A.; Sauer, T.; Sauter, G.; Saw, R.P.M.; Scardoni, M.; Scarlett, C.J.; Scarpa, A.; Scelo, G.; Schadendorf, D.; Schein, J.E.; Schilhabel, M.B.; Schlesner, M.; Schlomm, T.; Schmidt, H.K.; Schramm, S-J.; Schreiber, S.; Schultz, N.; Schumacher, S.E.; Schwarz, R.F.; Scolyer, R.A.; Scott, D.; Scully, R.; Seethala, R.; Segre, A.V.; Selander, I.; Semple, C.A.; Senbabaoglu, Y.; Sengupta, S.; Sereni, E.; Serra, S.; Sgroi, D.C.; Shackleton, M.; Shah, N.C.; Shahabi, S.; Shang, C.A.; Shang, P.; Shapira, O.; Shelton, T.; Shen, C.; Shen, H.; Shepherd, R.; Shi, R.; Shi, Y.; Shiah, Y-J.; Shibata, T.; Shih, J.; Shimizu, E.; Shimizu, K.; Shin, S.J.; Shiraishi, Y.; Shmaya, T.; Shmulevich, I.; Shorser, S.I.; Short, C.; Shrestha, R.; Shringarpure, S.S.; Shriver, C.; Shuai, S.; Sidiropoulos, N.; Siebert, R.; Sieuwerts, A.M.; Sieverling, L.; Signoretti, S.; Sikora, K.O.; Simbolo, M.; Simon, R.; Simons, J.V.; Simpson, J.T.; Simpson, P.T.; Singer, S.; Sinnott-Armstrong, N.; Sipahimalani, P.; Skelly, T.J.; Smid, M.; Smith, J.; Smith- McCune, K.; Socci, N.D.; Sofia, H.J.; Soloway, M.G.; Song, L.; Sood, A.K.; Sothi, S.; Sotiriou, C.; Soulette, C.M.; Span, P.N.; Spellman, P.T.; Sperandio, N.; Spillane, A.J.; Spiro, O.; Spring, J.; Staaf, J.; Stadler, P.F.; Staib, P.; Stark, S.G.; Stebbings, L.; Stefánsson, Ó.A.; Stegle, O.; Stein, L.D.; Stenhouse, A.; Stewart, C.; Stilgenbauer, S.; Stobbe, M.D.; Stratton, M.R.; Stretch, J.R.; Struck, A.J.; Stuart, J.M.; Stunnenberg, H.G.; Su, H.; Su, X.; Sun, R.X.; Sungalee, S.; Susak, H.; Suzuki, A.; Sweep, F.; Szczepanowski, M.; Sültmann, H.; Yugawa, T.; Tam, A.; Tamborero, D.; Tan, B.K.T.; Tan, D.; Tan, P.; Tanaka, H.; Taniguchi, H.; Tanskanen, T.J.; Tarabichi, M.; Tarnuzzer, R.; Tarpey, P.; Taschuk, M.L.; Tatsuno, K.; Tavaré, S.; Taylor, D.F.; Taylor-Weiner, A.; Teague, J.W.; Teh, B.T.; Tembe, V.; Temes, J.; Thai, K.; Thayer, S.P.; Thiessen, N.; Thomas, G.; Thomas, S.; Thompson, A.; Thompson, A.M.; Thompson, J.F.F.; Thompson, R.H.; Thorne, H.; Thorne, L.B.; Thorogood, A.; Tiao, G.; Tijanic, N.; Timms, L.E.; Tirabosco, R.; Tojo, M.; Tommasi, S.; Toon, C.W.; Toprak, U.H.; Torrents, D.; Tortora, G.; Tost, J.; Totoki, Y.; Townend, D.; Traficante, N.; Treilleux, I.; Trotta, J-R.; Trümper, L.H.P.; Tsao, M.; Tsunoda, T.; Tubio, J.M.C.; Tucker, O.; Turkington, R.; Turner, D.J.; Tutt, A.; Ueno, M.; Ueno, N.T.; Umbricht, C.; Umer, H.M.; Underwood, T.J.; Urban, L.; Urushidate, T.; Ushiku, T.; Uusküla- Reimand, L.; Valencia, A.; Van Den Berg, D.J.; Van Laere, S.; Van Loo, P.; Van Meir, E.G.; Van den Eynden, G.G.; Van der Kwast, T.; Vasudev, N.; Vazquez, M.; Vedururu, R.; Veluvolu, U.; Vembu, S.; Verbeke, L.P.C.; Vermeulen, P.; Verrill, C.; Viari, A.; Vicente, D.; Vicentini, C.; VijayRaghavan, K.; Viksna, J.; Vilain, R.E.; Villasante, I.; Vincent-Salomon, A.; Visakorpi, T.; Voet, D.; Vyas, P.; Vázquez-García, I.; Waddell, N.M.; Waddell, N.; Wadelius, C.; Wadi, L.; Wagener, R.; Wala, J.A.; Wang, J.; Wang, J.; Wang, L.; Wang, Q.; Wang, W.; Wang, Y.; Wang, Z.; Waring, P.M.; Warnatz, H-J.; Warrell, J.; Warren, A.Y.; Waszak, S.M.; Wedge, D.C.; Weichenhan, D.; Weinberger, P.; Weinstein, J.N.; Weischenfeldt, J.; Weisenberger, D.J.; Welch, I.; Wendl, M.C.; Werner, J.; Whalley, J.P.; Wheeler, D.A.; Whitaker, H.C.; Wigle, D.; Wilkerson, M.D.; Williams, A.; Wilmott, J.S.; Wilson, G.W.; Wilson, J.M.; Wilson, R.K.; Winterhoff, B.; Wintersinger, J.A.; Wiznerowicz, M.; Wolf, S.; Wong, B.H.; Wong, T.; Wong, W.; Woo, Y.; Wood, S.; Wouters, B.G.; Wright, A.J.; Wright, D.W.; Wright, M.H.; Wu, C-L.; Wu, D-Y.; Wu, G.; Wu, J.; Wu, K.; Wu, Y.; Wu, Z.; Xi, L.; Xia, T.; Xiang, Q.; Xiao, X.; Xing, R.; Xiong, H.; Xu, Q.; Xu, Y.; Xue, H.; Yachida, S.; Yakneen, S.; Yamaguchi, R.; Yamaguchi, T.N.; Yamamoto, M.; Yamamoto, S.; Yamaue, H.; Yang, F.; Yang, H.; Yang, J.Y.; Yang, L.; Yang, L.; Yang, S.; Yang, T-P.; Yang, Y.; Yao, X.; Yaspo, M-L.; Yates, L.; Yau, C.; Ye, C.; Ye, K.; Yellapantula, V.D.; Yoon, C.J.; Yoon, SS.; Yousif, F.; Yu, J.; Yu, K.; Yu, W.; Yu, Y.; Yuan, K.; Yuan, Y.; Yuen, D.; Yung, C.K.; Zaikova, O.; Zamora, J.; Zapatka, M.; Zenklusen, J.C.; Zenz, T.; Zeps, N.; Zhang, C-Z.; Zhang, F.; Zhang, H.; Zhang, H.; Zhang, H.; Zhang, J.; Zhang, J.; Zhang, J.; Zhang, X.; Zhang, X.; Zhang, Y.; Zhang, Z.; Zhao, Z.; Zheng, L.; Zheng, X.; Zhou, W.; Zhou, Y.; Zhu, B.; Zhu, H.; Zhu, J.; Zhu, S.; Zou, L.; Zou, X.; deFazio, A.; van As, N.; van Deurzen, C.H.M.; van de Vijver, M.J.; van’t Veer, L.; von Mering, C. Pan-cancer analysis of whole genomes. Nature 2020 578 7793 82 93 10.1038/s41586‑020‑1969‑6 32025007
    [Google Scholar]
33. Bonam S.R. Wang F. Muller S. Lysosomes as a therapeutic target. Nat. Rev. Drug Discov. 2019 18 12 923 948 10.1038/s41573‑019‑0036‑1 31477883
    [Google Scholar]
34. Zhang S. Lee S.H. Nie L. Huang Y. Zou G. Jung Y.S. Jun S. Zhang J. Lien E.M. Chen J. Park J.I. Lysosomal TMEM9‐LAMTOR4‐controlled mTOR signaling integrity is required for mammary tumorigenesis. Cancer Commun. (Lond.) 2023 43 1 159 163 10.1002/cac2.12382 36336962
    [Google Scholar]
35. Prentzell M.T. Rehbein U. Cadena Sandoval M. De Meulemeester A.S. Baumeister R. Brohée L. Berdel B. Bockwoldt M. Carroll B. Chowdhury S.R. von Deimling A. Demetriades C. Figlia G. de Araujo M.E.G. Heberle A.M. Heiland I. Holzwarth B. Huber L.A. Jaworski J. Kedra M. Kern K. Kopach A. Korolchuk V.I. van ’t Land-Kuper I. Macias M. Nellist M. Palm W. Pusch S. Ramos Pittol J.M. Reil M. Reintjes A. Reuter F. Sampson J.R. Scheldeman C. Siekierska A. Stefan E. Teleman A.A. Thomas L.E. Torres-Quesada O. Trump S. West H.D. de Witte P. Woltering S. Yordanov T.E. Zmorzynska J. Opitz C.A. Thedieck K. G3BPs tether the TSC complex to lysosomes and suppress mTORC1 signaling. Cell 2021 184 3 655 674.e27 10.1016/j.cell.2020.12.024 33497611
    [Google Scholar]
36. Fei Y. Yan X. Liang M. Zhou S. Xu D. Li L. Xu W. Song Y. Zhu Z. Zhang J. Lysosomal gene ATP6AP1 promotes doxorubicin resistance via up-regulating autophagic flux in breast cancer. Cancer Cell Int. 2024 24 1 394 10.1186/s12935‑024‑03579‑9 39627767
    [Google Scholar]
37. He L. Chen J. Deng P. Huang S. Liu P. Wang C. Huang X. Li Y. Chen B. Shi D. Xiao Y. Chen X. Ouyang Y. Song L. Lin C. Lysosomal cyst(e)ine storage potentiates tolerance to oxidative stress in cancer cells. Mol. Cell 2023 83 19 3502 3519.e11 10.1016/j.molcel.2023.08.032 37751742
    [Google Scholar]
38. Wei X. Li Y. Chen H. Gao R. Ning P. Wang Y. Huang W. Chen E. Fang L. Guo X. Lv C. Cheng Y. A lysosome‐targeted magnetic nanotorquer mechanically triggers ferroptosis for breast cancer treatment. Adv. Sci. (Weinh.) 2024 11 9 2302093 10.1002/advs.202302093 38095513
    [Google Scholar]
39. Chae J. Choi J. Chung J. Polymeric immunoglobulin receptor (pIgR) in cancer. J. Cancer Res. Clin. Oncol. 2023 149 19 17683 17690 10.1007/s00432‑023‑05335‑4 37897659
    [Google Scholar]
40. Wang X. Du J. Gu P. Jin R. Lin X. Polymeric immunoglobulin receptor expression is correlated with poor prognosis in patients with osteosarcoma. Mol. Med. Rep. 2014 9 6 2105 2110 10.3892/mmr.2014.2110 24699841
    [Google Scholar]
41. Liu F. Ye P. Bi T. Teng L. Xiang C. Wang H. Li Y. Jin K. Mou X. COLORECTAL polymeric immunoglobulin receptor expression is correlated with hepatic metastasis and poor prognosis in colon carcinoma patients with hepatic metastasis. Hepatogastroenterology 2014 61 131 652 659 26176052
    [Google Scholar]
42. Asanprakit W. Lobo D.N. Eremin O. Bennett A.J. M1 macrophages evoke an increase in polymeric immunoglobulin receptor (PIGR) expression in MDA-MB468 breast cancer cells through secretion of interleukin-1&#946. Sci. Rep. 2022 12 1 16842 10.1038/s41598‑022‑20811‑6 36207349
    [Google Scholar]
43. Parveen S. Khamari A. Raju J. Coppolino M.G. Datta S. Syntaxin 7 contributes to breast cancer cell invasion by promoting invadopodia formation. J. Cell Sci. 2022 135 12 jcs259576 10.1242/jcs.259576 35762511
    [Google Scholar]
44. Mujcic H. Rzymski T. Rouschop K.M.A. Koritzinsky M. Milani M. Harris A.L. Wouters B.G. Hypoxic activation of the unfolded protein response (UPR) induces expression of the metastasis-associated gene LAMP3. Radiother. Oncol. 2009 92 3 450 459 10.1016/j.radonc.2009.08.017 19726095
    [Google Scholar]
45. Nagelkerke A. Bussink J. Mujcic H. Wouters B.G. Lehmann S. Sweep F.C.G.J. Span P.N. Hypoxia stimulates migration of breast cancer cells via the PERK/ATF4/LAMP3-arm of the unfolded protein response. Breast Cancer Res. 2013 15 1 R2 10.1186/bcr3373 23294542
    [Google Scholar]
46. Nagelkerke A. Bussink J. van der Kogel A.J. Sweep F.C.G.J. Span P.N. The PERK/ATF4/LAMP3-arm of the unfolded protein response affects radioresistance by interfering with the DNA damage response. Radiother. Oncol. 2013 108 3 415 421 10.1016/j.radonc.2013.06.037 23891100
    [Google Scholar]
47. Zhang H. Xu K. Xiang Q. Zhao L. Tan B. Ju P. Lan X. Liu Y. Zhang J. Fu Z. Li C. Wang J. Song J. Xiao Y. Cheng Z. Wang Y. Zhang S. Xiang T. LPCAT1 functions as a novel prognostic molecular marker in hepatocellular carcinoma. Genes Dis. 2022 9 1 151 164 10.1016/j.gendis.2020.07.007 35005115
    [Google Scholar]
48. Tao M. Luo J. Gu T. Yu X. Song Z. Jun Y. Gu H. Han K. Huang X. Yu W. Sun S. Zhang Z. Liu L. Chen X. Zhang L. Luo C. Wang Q. LPCAT1 reprogramming cholesterol metabolism promotes the progression of esophageal squamous cell carcinoma. Cell Death Dis. 2021 12 9 845 10.1038/s41419‑021‑04132‑6 34518524
    [Google Scholar]
49. Wei C. Dong X. Lu H. Tong F. Chen L. Zhang R. Dong J. Hu Y. Wu G. Dong X. LPCAT1 promotes brain metastasis of lung adenocarcinoma by up-regulating PI3K/AKT/MYC pathway. J. Exp. Clin. Cancer Res. 2019 38 1 95 10.1186/s13046‑019‑1092‑4 30791942
    [Google Scholar]
50. Voeltzke K. Scharov K. Funk C.M. Kahler A. Picard D. Hauffe L. Orth M.F. Remke M. Esposito I. Kirchner T. Schramm A. Rotblat B. Grünewald T.G.P. Reifenberger G. Leprivier G. EIF4EBP1 is transcriptionally upregulated by MYCN and associates with poor prognosis in neuroblastoma. Cell Death Discov. 2022 8 1 157 10.1038/s41420‑022‑00963‑0 35379801
    [Google Scholar]
51. Rutkovsky A.C. Yeh E.S. Guest S.T. Findlay V.J. Muise-Helmericks R.C. Armeson K. Ethier S.P. Eukaryotic initiation factor 4E-binding protein as an oncogene in breast cancer. BMC Cancer 2019 19 1 491 10.1186/s12885‑019‑5667‑4 31122207
    [Google Scholar]
52. Peng D. Fu M. Wang M. Wei Y. Wei X. Targeting TGF-β signal transduction for fibrosis and cancer therapy. Mol. Cancer 2022 21 1 104 10.1186/s12943‑022‑01569‑x 35461253
    [Google Scholar]
53. Son H.Y. Jeong H.K. Immune evasion mechanism and AXL. Front. Oncol. 2021 11 756225 10.3389/fonc.2021.756225 34778071
    [Google Scholar]
54. Morad G. Helmink B.A. Sharma P. Wargo J.A. Hallmarks of response, resistance, and toxicity to immune checkpoint blockade. Cell 2021 184 21 5309 5337 10.1016/j.cell.2021.09.020 34624224
    [Google Scholar]
55. Deng R. Zhang H.L. Huang J.H. Cai R.Z. Wang Y. Chen Y.H. Hu B.X. Ye Z.P. Li Z.L. Mai J. Huang Y. Li X. Peng X.D. Feng G.K. Li J.D. Tang J. Zhu X.F. MAPK1/3 kinase-dependent ULK1 degradation attenuates mitophagy and promotes breast cancer bone metastasis. Autophagy 2021 17 10 3011 3029 10.1080/15548627.2020.1850609 33213267
    [Google Scholar]
56. Mao L. Zhan Y. Wu B. Yu Q. Xu L. Hong X. Zhong L. Mi P. Xiao L. Wang X. Cao H. Zhang W. Chen B. Xiang J. Mei K. Radhakrishnan R. Guo W. Hu T. ULK1 phosphorylates Exo70 to suppress breast cancer metastasis. Nat. Commun. 2020 11 1 117 10.1038/s41467‑019‑13923‑7 31913283
    [Google Scholar]
57. Ouyang L. Zhang L. Fu L. Liu B. A small-molecule activator induces ULK1-modulating autophagy-associated cell death in triple negative breast cancer. Autophagy 2017 13 4 777 778 10.1080/15548627.2017.1283470 28165887
    [Google Scholar]
58. Zhang L. Fu L. Zhang S. Zhang J. Zhao Y. Zheng Y. He G. Yang S. Ouyang L. Liu B. Discovery of a small molecule targeting ULK1-modulated cell death of triple negative breast cancer in vitro and in vivo. Chem. Sci. (Camb.) 2017 8 4 2687 2701 10.1039/C6SC05368H 28553505
    [Google Scholar]
59. Hortobagyi G.N. Stemmer S.M. Burris H.A. Yap Y.S. Sonke G.S. Hart L. Campone M. Petrakova K. Winer E.P. Janni W. Conte P. Cameron D.A. André F. Arteaga C.L. Zarate J.P. Chakravartty A. Taran T. Le Gac F. Serra P. O’Shaughnessy J. Overall survival with ribociclib plus letrozole in advanced breast cancer. N. Engl. J. Med. 2022 386 10 942 950 10.1056/NEJMoa2114663 35263519
    [Google Scholar]
60. Lin R.D. Steinmetz N.F. Tobacco mosaic virus delivery of mitoxantrone for cancer therapy. Nanoscale 2018 10 34 16307 16313 10.1039/C8NR04142C 30129956
    [Google Scholar]
61. Evison B.J. Sleebs B.E. Watson K.G. Phillips D.R. Cutts S.M. Mitoxantrone, more than just another topoisomerase II poison. Med. Res. Rev. 2016 36 2 248 299 10.1002/med.21364 26286294
    [Google Scholar]